以两次“南海深部基金航次”为主体，开展以洋壳演化和现代深海过程为目标的突破性研究。这将是南海深水区（>3,500 m）有史以来第一次探测，在原有工作积累基础上，选择重点的剖面和海区（图2左），采用深海新技术对磁异常条带、火山链和海底流体溢出进行探测。

由于南海深部、尤其是4000米以深的中央海盆十分缺乏调查，具体的研究方案只能随计划进程逐步制定、及时调整。现在根据目前的资料，提出分以下三阶段实施的方案